除了疏導雨水，收集、處理及排放本港日常產生的污水亦是本署核心服務之一。本署致力提供世界級污水處理服務，透過不同污水處理程序及先進技術，大大減低污染物排放。我們亦定期進行維修保養工作，確保污水收集、處理和排放設施有效運作。展望未來，我們會繼續擴大污水收集系統的覆蓋範圍，並持續改善污水處理設施，保護本港水域水質，促進香港可持續發展。

現時我們操作319所污水處理設施，當中包括69所污水處理廠和250所污水泵房。2018-19年度，我們共處理約10.28億立方米的污水，當中7.3%進行基本處理、73.0%進行化學強化一級處理、19.1%進行二級處理，餘下的0.6%污水進行一級和三級處理。

港珠澳大橋香港口岸（簡稱大橋香港口岸）位於香港國際機場東部的人工島。島上建有一座二級污水處理廠，於2018年9月開始運作，以處理島上的旅檢大樓、公共洗手間、政府部門辦公室等設施所收集的污水。其污水處理量約為每日2,700立方米，採用膜式生物反應器污水處理技術。污水會先經過25毫米、6毫米和2毫米的隔篩，接著除去污水裡的有機物，懸浮固體，氨氮，硝酸鹽及亞硝酸鹽氮，然後透過板式過濾膜淨化排放水。污水處理過程產生的污泥運往小蠔灣污水處理廠再作處理。

在繼續保持高效率的污水收集、處理和排放服務之餘，我們同時會確保轄下設施符合訂立之環保目標。在先進科技和現代化設施的協助下，我們的專業團隊竭誠為香港提供世界級的污水收集和處理服務。

舊有的梅窩污水處理廠於1985年啟用，為梅窩涌口、銀灣邨及梅窩碼頭一帶收集的污水提供二級處理。為配合預期的人口增長及擬議的鄉村公共污水收集系統擴展計劃所增加的污水流量，我們於2007年聘請顧問公司研究提升梅窩污水處理廠處理能力的可行性。研究建議梅窩污水處理廠的污水處理量應從每日約1,190立方米增加至每日約3,700立方米。

我們在沙田及大埔進行污水系統工程，以改善吐露港水質及以上11個未有鋪設污水設施的地區的衞生情況。工程包括在沙田九肚建造一所污水泵房，以及為沙田和大埔分別9個和2個未鋪設污水設施的地區鋪設長約12公里的污水渠。

為配合北區迅速發展，我們將分階段增加石湖墟污水處理廠的處理量，由每日93,000立方米增加至190,000立方米，並提升該廠的淨水設施至三級污水處理水平，確保排放符合更高的環境要求，保護后海灣的生態環境。我們亦藉此機會改善廠房外觀及環保表現，提升其水資源保育教學功能，使該淨水設施成為具代表性的多元化社區設施。

隨着元朗、天水圍及洪水橋的人口增長，新圍污水處理廠的每日污水處理量將於工程完成後由原來約164,000立方米增至約200,000立方米。工程同時會將新圍污水處理廠的處理水平由基本處理提升至化學強化一級處理，並加設紫外線消毒，以提升西北水域的水質。

現時位於東涌及小蠔灣之間的加壓污水管是唯一的污水輸送渠管，負責把東涌區及機場島內收集所得的污水輸送至小蠔灣污水處理廠。該污水管道至今已使用了20年，接近其25年的設計壽命。為了配合香港國際機場和東涌新市鎮規劃的發展需求，增建一條加壓污水管實在刻不容緩，以便檢查及修復現有污水管，並提高污水收集系統的可靠性。

第一階段工程包括興建一條長約6.5公里、直徑1,200毫米的加壓污水管，以及相關的接合和附屬工程。第二階段工程是修復現有加壓污水管。預計整項工程完成後，兩條加壓污水管可應付至2038年的污水流量。

渠務署多年來致力擴建鄉村公共污水收集系統，藉以改善鄉郊地區的衛生環境及其附近水體的水質。現時進行中的鄉村污水工程分別位於屯門、西貢及離島。

由於九龍塘、旺角及油麻地的雨水排放系統接收了受污染的旱流，導致新油麻地避風塘的水質變差，以及引發相關氣味問題。因此，我們正沿新油麻地避風塘海濱建造一個地底旱季截流器及泵房，堵截櫻桃街箱形雨水渠內受污染的旱流，並輸送至昂船洲污水處理廠作妥善處理及排放。

為配合東九龍的區內發展，我們將優化現有觀塘污水泵房，以提供一個容量達16,000立方米的地底污水調節設施，以及安裝通風和氣味控制設施。工程亦包括將廠房天台建成園景平台，提升泵房景觀和提供約10,000平方米的公共空間供公眾享用。

現有沙頭角污水處理廠在1989年建成，是一所二級污水處理廠，處理沙頭角墟、鹽寮下、菜園角和沙頭角邨的污水，並把處理後的污水排放到沙頭角海。為配合沙頭角污水集水區預計增加的污水量，我們將重建現有沙頭角污水處理廠，以增加該廠污水處理量由每日約1,660立方米至約5,000立方米。工程亦包括建造一條長約1.7公里、直徑450毫米的海底排放管道，及拆卸現有的污水泵房及附屬的加壓污水管。

現有元朗污水處理廠的設計處理量為每日70,000立方米，為元朗市、元朗工業邨及錦田地區提供服務。我們將分階段增加元朗污水處理廠的處理量至150,000立方米，以解決污水與日俱增的問題，並提升該廠的淨水設施至三級污水處理水平，確保排放符合更高的環境要求，保護后海灣的生態環境。我們亦藉此機會改善廠房外觀及環保表現，採用再生能源及融入大量綠化元素和提供公眾共用設施，惠及當地社區。

搬遷沙田污水處理廠往城門河對岸女婆山開挖的岩洞，可騰出現址約28公頃土地作有利民生用途，同時改善區內生活環境。