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2013-14年度，本署的总营运开支约为20亿元，其中个人薪酬的开支约为7.94亿元，余款则用于部门其他经常及非经常开支。
本署过去五年的营运开支摘要如下：
| 渠务署过去五年的营运开支摘要 | 2009-10 | 2010-11 | 2011-12 | 2012-13 | 2013-14 |
|---|---|---|---|---|---|
| (百万元) | |||||
| 营运开支（总额） | 1,736.9 | 1,776.8 | 1,838.6 | 1,910.7 | 1,972.4 |
| 经常开支 - 个人薪酬 | 693.0 | 685.9 | 727.4 | 769.3 | 793.5 |
| 经常开支 - 部门开支（包括强积金及公务员公积金） |
1,035.9 | 1,083.8 | 1,111.2 | 1,141.4 | 1,178.9 |
| 非经常开支 | 8.0 | 7.1 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
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在一般情况下，我们会考虑当时市场价格及风险因素，定期检讨各阶段的工务工程项目，以及更新其成本预算及现金流量。本署设有部门委员会，负责审核工程的预算费用，以纳入立法会文件，并在工程合约招标前审核合约的估算。当工程拨款获批后，我们会紧密监察工程成本及其核准工程预算，确保有充足资金完成工程。渠务署署长会定期主持会议，监察所有大型工务工程的进度，并确保拨款用得其所。
| 单位 | 2009-10 | 2010-11 | 2011-12 | 2012-13 | 2013-14 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 正在规划、设计和施工阶段的雨水排放工程项目总值 | 百万元 | 13,373 | 12,707 | 14,323 | 11,288 | 12,311 |
| 正在规划、设计和施工阶段的污水处理工程项目总值 | 百万元 | 36,635 | 39,875 | 41,200 | 49,872 | 78,749 |
| 正在规划、设计和施工阶段的雨水排放工程项目数目 | 数目 | 29 | 24 | 22 | 20 | 20 |
| 正在规划、设计和施工阶段的污水处理工程项目数目 | 数目 | 58 | 70 | 70 | 77 | 87 |
「污水处理服务收费计划」是根据「污染者自付」原则自1995年4月1日起实施。凡接驳至公共污水渠的单位，业主或住客均须缴付污水处理服务费。为使服务费维持在中等水平，收费只收回公共污水设施的操作及维修成本，建造成本则由公帑支付。
过去五年污水处理服务经营账目的收支摘要如下：
| 过去五年污水处理服务经营账目摘要 | 2009-10 | 2010-11 | 2011-12 | 2012-13 | 2013-14# |
|---|---|---|---|---|---|
| (百万元) | |||||
| 排污费收入 | 583 | 639 | 703 | 776 | 875 |
| 工商业污水附加费收入 | 192 | 201 | 204 | 207 | 221 |
| 其他收入 | 35 | 35 | 40 | 40 | 42 |
| 总收入 | 810 | 875 | 947 | 1,023 | 1,138 |
| 开支（不包括折旧） | (1,377) | (1,402) | (1,484) | (1,538) | (1,586) |
| 折旧 | (698) | (723) | (782) | (801) | (846) |
| 总开支 | (2,075) | (2,125) | (2,266) | (2,339) | (2,432) |
| （亏损） | (1,265) | (1,250) | (1,319) | (1,316) | (1,294) |
# 2013-14年度年度数字只属暂时性，有待污水处理服务账目委员会确认。
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2012-13年度及2013-14年度的污水处理服务成本回收率如下：
| 总额 | ||
|---|---|---|
| 2012-13 | 2013-14 | |
| 排污费及工商业污水附加费收入（百万元） | 983 | 1,096 |
| 排污费及工商业污水附加费开支（不包括折旧）（百万元） | 1,498 | 1,544 |
| 收回经营成本比率（%） | 65.6 | 69.0 |
注：
为了坚守「污染者自付」的原则，并鼓励市民节约食水，立法会已通过十年递增排污费，由2007年5月起生效。相比2007-08年度每立方米供水量1.2元的收费，排污费于2013-14年度已增至每立方米供水量的2.05元，并会逐步增至2017年4月1日每立方米供水量的2.92元。