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2013-14年度，本署的總營運開支約為20億元，其中個人薪酬的開支約為7.94億元，餘款則用於部門其他經常及非經常開支。
本署過去五年的營運開支摘要如下：
| 渠務署過去五年的營運開支摘要 | 2009-10 | 2010-11 | 2011-12 | 2012-13 | 2013-14 |
|---|---|---|---|---|---|
| (百萬元) | |||||
| 營運開支（總額） | 1,736.9 | 1,776.8 | 1,838.6 | 1,910.7 | 1,972.4 |
| 經常開支 - 個人薪酬 | 693.0 | 685.9 | 727.4 | 769.3 | 793.5 |
| 經常開支 - 部門開支（包括強積金及公務員公積金） |
1,035.9 | 1,083.8 | 1,111.2 | 1,141.4 | 1,178.9 |
| 非經常開支 | 8.0 | 7.1 | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
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在一般情況下，我們會考慮當時市場價格及風險因素，定期檢討各階段的工務工程項目，以及更新其成本預算及現金流量。本署設有部門委員會，負責審核工程的預算費用，以納入立法會文件，並在工程合約招標前審核合約的估算。當工程撥款獲批後，我們會緊密監察工程成本及其核准工程預算，確保有充足資金完成工程。渠務署署長會定期主持會議，監察所有大型工務工程的進度，並確保撥款用得其所。
| 單位 | 2009-10 | 2010-11 | 2011-12 | 2012-13 | 2013-14 | |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 正在規劃、設計和施工階段的雨水排放工程項目總值 | 百萬元 | 13,373 | 12,707 | 14,323 | 11,288 | 12,311 |
| 正在規劃、設計和施工階段的污水處理工程項目總值 | 百萬元 | 36,635 | 39,875 | 41,200 | 49,872 | 78,749 |
| 正在規劃、設計和施工階段的雨水排放工程項目數目 | 數目 | 29 | 24 | 22 | 20 | 20 |
| 正在規劃、設計和施工階段的污水處理工程項目數目 | 數目 | 58 | 70 | 70 | 77 | 87 |
「污水處理服務收費計劃」是根據「污染者自付」原則自1995年4月1日起實施。凡接駁至公共污水渠的單位，業主或住客均須繳付污水處理服務費。為使服務費維持在中等水平，收費只收回公共污水設施的操作及維修成本，建造成本則由公帑支付。
過去五年污水處理服務經營帳目的收支摘要如下：
| 過去五年污水處理服務經營帳目摘要 | 2009-10 | 2010-11 | 2011-12 | 2012-13 | 2013-14# |
|---|---|---|---|---|---|
| (百萬元) | |||||
| 排污費收入 | 583 | 639 | 703 | 776 | 875 |
| 工商業污水附加費收入 | 192 | 201 | 204 | 207 | 221 |
| 其他收入 | 35 | 35 | 40 | 40 | 42 |
| 總收入 | 810 | 875 | 947 | 1,023 | 1,138 |
| 開支（不包括折舊） | (1,377) | (1,402) | (1,484) | (1,538) | (1,586) |
| 折舊 | (698) | (723) | (782) | (801) | (846) |
| 總開支 | (2,075) | (2,125) | (2,266) | (2,339) | (2,432) |
| （虧損） | (1,265) | (1,250) | (1,319) | (1,316) | (1,294) |
# 2013-14年度年度數字只屬暫時性，有待污水處理服務帳目委員會確認。
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2012-13年度及2013-14年度的污水處理服務成本回收率如下：
| 總額 | ||
|---|---|---|
| 2012-13 | 2013-14 | |
| 排污費及工商業污水附加費收入（百萬元） | 983 | 1,096 |
| 排污費及工商業污水附加費開支（不包括折舊）（百萬元） | 1,498 | 1,544 |
| 收回經營成本比率（%） | 65.6 | 69.0 |
註：
為了堅守「污染者自付」的原則，並鼓勵市民節約食水，立法會已通過十年遞增排污費，由2007年5月起生效。相比2007-08年度每立方米供水量1.2元的收費，排污費於2013-14年度已增至每立方米供水量的2.05元，並會逐步增至2017年4月1日每立方米供水量的2.92元。