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渠務署於一九八九年九月成立，是香港特別行政區政府工務局*屬下七個部門之一。至
二○○二年三月止，渠務署共有職員2 100人，包括專業人員、技術人員及輔助人員。
渠務署是由渠務署署長帶領，及一名副署長及四名助理署長協助管理。署內共設四個科，分別是污水處理服務科、操作維修科、設計拓展科及機電工程科。此外，總部另設各組，分別負責技術支援、會計及行政工作。渠務署的架構圖載於本章末段。
污水處理服務科負責徵收污水處理服務費的工作，和執行一項名為「淨化海港計劃」的基礎建設工程，以改善維多利亞港的水質。在二○○二年四月一日，策略性污水排放計劃部正式改名為淨化海港計劃部。
操作維修科負責全港污水收集及雨水排放系統的操作及維修。該科下設四個部，其中三個是香港島及離島渠務部、九龍及新界南渠務部及新界北渠務部，負責處理排水和污水收集事務；第四個部是土地排水部，主要負責防洪、計劃渠務基建及土地排水法例的工作。
設計拓展科負責實施主要的工程，包括設計及建造雨水渠、防洪及排洪工程、污水收集系統及污水處理廠。
機電工程科負責設計、安裝、操作及保養污水處理廠、污水泵站及洪水抽水站的機電
設施。
* 在二○○二年七月一日，工務局正式改組為環境運輸及工務局
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