在2007年，我們負責操作遍及全港的69座污水處理廠(詳情見網頁www.dsd.gov.hk)，這些污水處理廠的處理級別各不相同。污水的處理級別主要視乎污水排放的地點，原因是本港不同的水體會有不同的廢物吸收能力和用途。污水處理廠處理污水時清除的主要污染物，包括有通常以生化需氧量來表達的有機物和懸浮固體。在某些地區，污水處理廠需要清除助長水生植物生長的營養物(例如氮)，以防止紅潮出現。在2007年，我們共清除了約98 000公噸生化需氧量、133 000公噸懸浮固體和4 700公噸氮。

從污水中所清除的污染物，每天產生814公噸污泥，或相等於全年約30萬公噸污泥。污泥在運往堆填區棄置前會先進行脫水，以縮減其體積，藉此減省所需的堆填區空間，從而有助延長堆填區的使用期。除了污泥外，污水處理程序進行時也會清除篩除物和砂礫。在2007年，我們共棄置約297 000公噸脫水污泥、21 000立方米篩除物和6 600立方米砂礫。

渠務署為了進一步改善維多利亞港的水質，在2007年8月批出了一份價值6 830萬元的顧問合約，為長21公里的污水隧道系統的建造工程，以及淨化海港計劃第二期甲昂船洲污水處理廠的消毒設施及八個初級污水處理廠的改善工程，進行勘測、設計和建造階段的顧問工作。我們已計劃提前進行昂船洲污水處理廠部分消毒設施的建造工程，預計在2009年年底前完成，以便盡早重開荃灣區的泳灘。目前有35所污水處理廠附設消毒設施，每日處理126 000立方米污水。我們2007年在小濠灣污水處理廠增設一大型紫外光消毒設施，並已有計劃在不久的將來在大埔和沙田污水處理廠裝設兩個紫外光消毒系統。