渠務署僱用約2 000名員工，包括1 840名常額編制人員和160名合約人員。其中300人為專業人員，1 100人為技術及一般職系人員，其餘600人為前線及直屬員工。部門分為四個科別運作，計有設計拓展科、操作維修科、機電工程科和污水處理服務科。每個科別由一名助理署長主管。環保管理委員會由渠務署副署長擔任主席，負責制訂和檢討部門的環保政策及環保目標。此外，委員會亦負責監察部門在實現環保目標方面的表現，以及加強員工在環保方面的意識和鼓勵他們身體力行保護環境。委員會還包括每個綜合管理系統的管理者代表或副管理者代表，負責在有關系統內推行和監察環保政策。此外，由助理署長級人員擔任的環保經理在一名高級專業人員和部門行政部的協助下，負責監察和統籌日常的環保事務。

渠務署為了維持和加強部門的環保工作表現，在2006年開始發展涵蓋部門各個工作範疇的七個環境管理系統。該七個環保管理系統涵蓋總部、操作維修科、污水處理服務科、污水工程及排水工程部、顧問工程管理、工程管理及淨化海港計劃部、污水處理部1及2，以及機電工程部。我們在顧問公司的協助和員工全力支持下，在2007年11月獲得ISO 14001環境管理系統七張個別的證書和一張企業證書。ISO 9001和ISO 14001綜合管理系統有助我們以符合環保的方式提供優質的服務。

《清新空氣約章》是由商界發起的一項改善香港和珠江三角洲空氣質素的措施。在支持《清新空氣約章》的工作方面，渠務署在2007年年初成立了一個能源及排放管理小組。小組由一名總工程師率領，並包括每個科別的高級專業代表，負責在我們所有的工作範疇，推動節約能源和減少排放空氣污染物的措施。