由於昔日的錦田河曾多次氾濫引發嚴重水災,對居於河道附近的市民構成生命和財產威脅,渠務署於是在1990年代展開大規模防洪工程,以提升錦田河及山貝河的排洪能力,開始把河道擴闊和拉直,及在錦田河下游南生圍一段開鑿大片魚塘,闢出一條約120米寬,約三公里長的人工新河道。錦田河原來的下游已經不與錦田河相連。相比人工的新河道,舊河道狹窄得多,而且有迂迴彎曲的河曲,景致與寬直的新河道截然不同。
為了補償因工程而損失的濕地,在錦田河新河道和山貝河河道兩旁種植紅樹-秋茄樹和桐花樹,以及類紅樹老鼠簕。紅樹林生長於河口和受潮汐影響的下游河道(感潮河),不但有助孕育生態,更能加固河岸。
米埔及內後海灣約1,500公頃的拉姆薩爾濕地,是水鳥覓食、棲息和繁殖的重要地方。
錦田河和山貝河為這片濕地帶來沉積物和養分,是濕地重要的一部分。所以在兩河的整治工程時,在河口保留了一些魚塘,及保留河床的天然泥土底質,以保護拉姆薩爾濕地的生態。