由于昔日的锦田河曾多次泛滥引发严重水灾,对居于河道附近的市民构成生命和财产威胁,渠务署于是在1990年代展开大规模防洪工程,以提升锦田河及山贝河的排洪能力,开始把河道扩阔和拉直,及在锦田河下游南生围一段开凿大片鱼塘,辟出一条约120米宽,约三公里长的人工新河道。锦田河原来的下游已经不与锦田河相连。相比人工的新河道,旧河道狭窄得多,而且有迂回弯曲的河曲,景致与宽直的新河道截然不同。
为了补偿因工程而损失的湿地,在锦田河新河道和山贝河河道两旁种植红树-秋茄树和桐花树,以及类红树老鼠簕。红树林生长于河口和受潮汐影响的下游河道(感潮河),不但有助孕育生态,更能加固河岸。
米埔及内后海湾约1,500公顷的拉姆萨尔湿地,是水鸟觅食、栖息和繁殖的重要地方。
锦田河和山贝河为这片湿地带来沉积物和养分,是湿地重要的一部分。所以在两河的整治工程时,在河口保留了一些鱼塘,及保留河床的天然泥土底质,以保护拉姆萨尔湿地的生态。