维港两岸的污水会经基本污水处理厂去除较大的固体废物及砂砾,然后经过污水输送系统运送到昂船洲污水处理厂,加入化学剂进行化学强化一级处理。经处理之污水会进行加氯消毒,在脱氯后便会排放出海。而在污水处理过程中所产生的污泥经脱水后,会由船只运送至污泥处理设施处理。