污水被输送到昂船洲后，会经由两座分别抽送第一期和第二期污757水的主泵房从深层隧道抽往地面。两座主泵房将由隧道接通，以便有需要时把污水分流，从而提高泵房运作的可靠性。
两座主泵房的内部直径均超过55米，并深达40米。建造主泵房时需要在隔膜墙内进行深层的挖掘工程。巨型抽水泵位于泵房的底层，由变速摩打驱动，把隧道内的污水抽往沉淀池。
主泵房外观
