前期消毒设施
净化海港计划第二期甲将会在昂船洲污水处理厂加建消毒设施，经化学强化一级处理后的污水将经过消毒处理，减低污水内的细菌含量，才排放出海港。为了尽快为现有昂船洲污水处理厂提供消毒处理，以助早日重开已关闭的荃湾泳滩，我们提前建造及启用部分消毒设施。前期消毒设施的建造工程在2008年4月展开，已在2009年12月竣工。前期消毒设施现正运作良好，为现有昂船洲污水处理厂处理的污水提供消毒处理。
在为前期消毒设施进行环境影响评估研究时，我们审视了可用于水和废水消毒的各种消毒技术(包括一些新兴科技)，并已进行仔细的评估工作，为“净化海港计划”选取最合适的消毒技术。我们亦检视了本地和国际采用的消毒方法。该研究的结论是，鉴于在时间、土地和规划多方面的限制，利用次氯酸钠溶液的加氯方法是“净化海港计划”最合适的消毒技术。
前期消毒设施的设计，是利用现有的废水暗渠作为氯接触池。经化学强化一级处理后的污水会先经过加氯程序(加入次氯酸钠溶液)，消除污水内99％或以上的大肠杆菌，然后进行脱氯程序(加入亚硫酸氢钠)，把污水内的残余氯去除后才排放。
我们会透过电脑控制系统，根据加氯后污水内的总残余氯水平，以控制次氯酸钠和亚硫酸氢钠的剂量。